История Научного архива Коми научного центра Уральского отделения Российской академии наук тесно связана с развитием научных учреждений АН СССР на Европейском Севере.

В годы Великой Отечественной войны в г. Сыктывкар были эвакуированы Кольская база АН СССР из г. Кировска Мурманской обл. и Северная база АН СССР из г. Архангельска. В 1944 году в связи реэвакуацией Коми обком ВКП(б) поставил вопрос о сохранении в Коми АССР академического учреждения. Учитывая это пожелание Президиум АН СССР  3 июня 1944 г. издал распоряжение о реорганизации Базы АН СССР по изучению Севера. В результате 1 июля 1944 г. База АН СССР в Коми АССР начала работать как самостоятельное научное учреждение.

Результаты научной деятельности сотрудников Северной базы АН СССР, интенсивно трудившихся в годы войны в республике, в виде рукописей научных трудов, полевых дневников и отчетов, а также управленческая документация, документы по личному составу послужили основой для создания Научного архива. При разделе оборудования и материалов во время реэвакуации для архивного фонда Базы АН СССР в Коми АССР было оставлено 784 дела. Вскоре архивный фонд пополнился документами Научно-исследовательского института языка, письменности и истории коми народа, переданного в Базу из системы народного комиссариата просвещения Коми АССР  в сентябре 1944 г.

Архивные материалы долгое время хранились в фондах научной библиотеки, поскольку архив, как самостоятельное подразделение еще не был создан.

В 1949 г. База АН СССР в Коми АССР была преобразована в Коми филиал АН СССР.

28 августа 1953 г. Президиум АН СССР  издал постановление "Об изменении в структуре учреждений Академии наук СССР". На основании этого постановления в Коми филиале АН СССР 1 октября 1953 г. был издан приказ о введение в действие новой струткры, в которой самостоятельным подразделением стал архив. На заседании Президиума филиала была поставлена задача собрать все открытые материалы, имеющиеся в отделах, в течение двух месяцев привести в порядок, составить внутренние описи, подшить и сдать в архив.Задачи архива заключались в комплектовании, учете, хранении и использовании документов Коми  филиала АН СССР. Комплектование архива происходило, прежде всего, за счет поступлений документов из отделов Коми филиала АН СССР. Ответственной за архив была назначена Александра Степановна Коптева, которая фактически стала первой заведующей архива и занималась формированием фондов до 1962 года.

В истории архивной службы страны и в истории Научного архива Коми научного центра УрО РАН большую роль сыграло Положение о Государственном архивном фонде Союза СССР (1958 г.). В этом Положении еще раз было подтверждено, что Академия наук имеет право постоянно хранить документы, образующиеся в деятельности ее учреждений и не передавать их в другие архивы страны. За сохранность, упорядочение, учет и хранение документов отвечал руководитель учреждения. МВД теряло контроль за архивной системой страны в целом. В марте 1959 г. Коми филиал АН СССР получил "Положение об архиве филиала АН СССР".

В 1964-1981 гг. заведующей архива была Нина Сергеевна Томова, на период работы которой выпало оформление архивных описей и фондов, пересмотр архивного материала поступившего ранее и передача непрофильных документов в другие учреждения. В 1960-е гг., после принятия нового положения о государственном архивном фонде в Коми филиале АН СССР началась работа по унификации и стандартизации делопроизводственной документации, составлению регистрационно-учетных документов, оформлению архивных описей и фондов. Во второй половине 1960-1970-х гг., согласно инструкциям и разъяснениям Государственного архивного управления и Архива АН СССР Научный архив Коми филиала АН СССР принимал на хранение документы в строгом соответствии с утвержденной номенклатурой. Проходила работа по рассекречиванию материалов, передаче карт и научных работ в архив филиала.

В 1970-е гг. в Научном архиве приступили к созданию фондов личного происхождения ученых, работавших в Коми филиале АН СССР. Первый личный фонд был сформирован из документов д.б.н. Ольги Степановны Зверевой.

 В июле 1981 г. заведующей архивом стала Валентина Ивановна Атрохова, которая ориентировалась на традиции и правила, заложенные прежними сотрудниками и продолжала работу по формированию, учету, хранению и использованию материалов. При проверке работы архива, проведенной сразу после ее назначения в 1981 г. сотрудником Архива АН СССР, было высказано только два замечания: стремиться к комплектации архива личными фондами и кинодокументами. В 1986 г. архив участвовал в общественном смотре сохранности документов архивного фонда, проводимого Президиумом АН СССР, по итогам которого В.И.Атроховой была объявлена благодарность.

В 1991 г. заведующей архивом стала окончившая к этому времени историко-архивный институт Светлана Ивановна Савина. В 1991 г. по заданию Центрального государственного архива Республики Коми в связи с организацией архивного фонда Коми АССР проведены инвентаризация и учет состояния документов научного архива. Проведена работа по переводу систематического каталога на новые таблицы УДК. В 1994 г. было разработано и утверждено Положение об архиве и положение о Центральной экспертной комиссии по отбору документов на постоянное хранение. В 1994 г. в архиве значительно продвинули обработку личных архивных фондов, была введена должность научного сотрудника, продолена работа по созданию научно-справочного аппарата к фондам архива. Проведена систематизация каталога фольклорного материала по географическому признаку.

В 1997 г. д.и.н. Рощевской Ларисой Павловной начата большая работа по аннотированию документальных фондов архива, подготовке библиографического списка диссертаций, хранящихся в архиве с целью подготовки первого в истории архива путеводителя по фондам.   В 2001 г. Путеводитель по фондам научного архива Коми научного центра УрО РАН был издан.

С февраля 2000 г. по настоящий момент, архив возглавляет к.и.н. А.А.Бровина. В работе архива, наряду с традиционными направлениями работы, начали формироваться новые, связанные с внедрением современных компьютерных технологий в обработку документов и представлении справочно-информационных материалов архива исследователям в цифровом формате. Большое внимание уделяется научным исследованиям по истории академической науки  и формированию документального наследия на Европейском Севере России.